Jae-yong mula bekerja untuk Samsung pada 1991. Beliau mula berkhidmat sebagai Naib Presiden Perancangan Strategi dan kemudian sebagai "Ketua Pegawai Pelanggan", jawatan pengurusan yang dicipta khas untuk Lee. Prospek beliau untuk kepimpinan masa depan syarikat tercetus selepas Kun-hee meletakkan jawatan sebagai Pengerusi akibat pengelakan cukai.[11] Pada Disember 2009, Walau bagaimanapun, prospek penggantiannya kembali apabila Lee menjadi Ketua Pegawai Operasi Samsung Electronics. Sejak Disember 2012, beliau telah menjadi Naib Pengerusi Samsung. Beliau ialah salah satu pemegang saham utama anak syarikat perkhidmatan kewangan Samsung, yang memiliki 11 peratus daripada Samsung SDS.[6]